Urodził się 28 września 1896 r. w Łodzi. W ruchu niepodległościowym działał już jako uczeń gimnazjum, należał do założycieli łódzkiego skautingu, był członkiem Polskich Drużyn Strzeleckich. Od października 1914 r. służył w 5. pp I Brygady Legionów Polskich, z którym przeszedł cały szlak bojowy I Brygady. Walczył pod Łowczówkiem, Konarami, Kostiuchnówką. Uniknąwszy internowania po kryzysie przysięgowym w lipcu 1917 r., znalazł się w Krakowie, działał w POW. Brał udział w obronie Lwowa. Wraz z innymi akademikami otrzymał specjalne podziękowanie od komendanta miasta kpt. Czesława Mączyńskiego. W dalszych walkach pod Lwowem, w lutym 1919 r. został ranny pod Krzywczycami. Po wyleczeniu, awansowany do stopnia podporucznika, uczestniczył w wojnie z bolszewikami. Za walkę o niepodległość Polski został odznaczony Krzyżem Virtuti Militari V kl., Krzyżem Niepodległości, Krzyżem Walecznych (czterokrotnie).

Po wojnie ukończył studia na Wydziale Prawa UJ. Aktywny na wielu polach, zajmował m.in. stanowiska referenta oświatowego Obszaru Warownego Kraków i Wojskowego Więzienia Śledczego. Otrzymywał bardzo dobre oceny od swoich przełożonych. W 1927 r. został awansowany do stopnia majora i przeniesiony do Warszawy, gdzie rozpoczął pracę w instytucjach naukowych związanych z obozem piłsudczykowsko-sanacyjnym. Objął kierownictwo działu polskich formacji zbrojnych lat I wojny światowej w Wojskowym Biurze Historycznym, z zadaniem zorganizowania badań nad historią polskiego czynu zbrojnego przed I wojną i w czasie jej trwania. Później został skarbnikiem Instytutu Badania Najnowszej Historii Polski i członkiem jego Zarządu, następnie sekretarzem wydawanej przez Instytut „Niepodległości”, a w 1934 r. – sekretarzem generalnym tej placówki.

Stał się jednym z prekursorów badań najnowszej historii Polski. Opublikował wiele prac historycznych, poświęconych zmaganiom o niepodległość i granice Rzeczypospolitej, wśród których najcenniejszą była Walka zbrojna o niepodległość Polski w latach 1905-1918. Po przekształceniu IBNHP w Instytut Józefa Piłsudskiego, objął stanowisko jego dyrektora. Był faktycznym organizatorem pracy naukowej Instytutu. Powołał w Instytucie zespół historyków, opracowujących poszczególne zagadnienia z najnowszych dziejów Polski. Byli wśród nich m.in. Henryk Wereszycki i Tadeusz Pelczarski. Przyczynił się do publikacji wielu cennych pozycji, w tym drugiego wydania Pism–Mów–Rozkazów marsz. Piłsudskiego. Za zasługi na polu wydawniczym uhonorowano go Srebrnym Wawrzynem Akademickim i dwukrotnie Złotym Krzyżem Zasługi. W 1937 r. otrzymał habilitację i docenturę na Uniwersytecie im. Jana Kazimierza we Lwowie.

W styczniu 1939 r. został awansowany do stopnia podpułkownika i przeniesiony w stan spoczynku. Nie trwał on długo. Po wybuchu wojny, na własne życzenie Lipiński pozostał w Warszawie i objął stanowisko szefa propagandy Dowództwa Obrony Warszawy. Aktywny na wielu odcinkach walki, przez cały okres obrony stolicy pełnił swoją służbę z największym poświęceniem, czego świadectwo stanowi szczegółowy dziennik, prowadzony podczas oblężenia miasta (wyjątkowo cenne źródło do dziejów warszawskiego września, opublikowane dopiero w 1989 r.), oraz relacje współczesnych.

Jego nazwisko zestawiano wówczas często z nazwiskiem prezydenta Stefana Starzyńskiego, z którym blisko współpracował. Podobnie jak on, codziennie przemawiał przez radio do mieszkańców stolicy i broniących jej żołnierzy, oddziaływał na nastroje w duchu utrzymania woli walki, bez względu na komplikującą się sytuację ogólną. Należał do zdecydowanych zwolenników obrony stolicy. 7 września 1939 r. mówił przez radio: Warszawa będzie broniona do ostatniego tchu. Jeśli padnie, świadczyć to będzie, iż po ostatnim żołnierzu polskim przejechał czołg niemiecki. Obywatele stolicy winni od tej chwili poświęcić całą swą energię, by ułatwić zadanie walczącemu wojsku (...). Nikt nie powinien ruszać się z miejsca, gdzie go obrona stolicy zastanie. Opuszczenie Warszawy w takiej chwili będzie uważane za tchórzostwo. Później przeciwstawiał się tendencjom kapitulacyjnym w sztabie Armii „Warszawa”.

Jeszcze w oblężonej Warszawie, wraz z gen. Michałem Tokarzewskim-Karaszewiczem, Mieczysławem Niedziałkowskim i Stefanem Starzyńskim, był inicjatorem powołania organizacji konspiracyjnej, kontynuującej walkę z okupantami. Po kapitulacji pozostał w stolicy na piastowanym przed wojną stanowisku dyrektora Instytutu Józefa Piłsudskiego, ale w końcu listopada 1939 r., zagrożony aresztowaniem przez gestapo, opuścił Warszawę i udał się do Zakopanego. Utrzymywał kontakty z SZP, kilkakrotnie przyjeżdżał do Warszawy. W marcu 1940 r. przedostał się na Węgry z zamiarem udania się do Francji i wstąpienia do armii polskiej. Jako piłsudczyk, nie otrzymał przydziału służbowego i pozostał przymusowo na Węgrzech, gdzie włączył się w życie polskiego uchodźstwa. Pisał o tym z goryczą do gen. Stefana Roweckiego: Jakim prawem Sikorski nas, którzyśmy się bili, odsuwa od pracy dla kraju, jakim prawem moralnie nas chce zniszczyć i traktować jak zbrodniarzy, którzy nie mają prawa walczyć o Polskę.

W Budapeszcie Lipiński publicznie zwalczał pogląd o odpowiedzialności piłsudczyków za wrześniową przegraną. Jednym z elementów tej działalności stała się napisana przez niego broszura Wojna polsko-niemiecka. Kampania wrześniowa w Polsce w r. 1939. Wkrótce znalazł się wśród przywódców piłsudczykowskich na Węgrzech, jednak wobec sporu ideowego z kierującym Obozem Polski Walczącej Julianem Piaseckim, ostatecznie nie znalazł się w jego składzie. Wiosną 1942 r. wrócił do kraju i związał się z grupą piłsudczyków skupionych wokół pisma „Myśl Państwowa”, później został jego redaktorem. Współtworzył następnie Konwent Organizacji Niepodległościowych, wszedł w skład Wydziału Politycznego ZG KON, najprawdopodobniej był również twórcą nazwy tego ugrupowania.

Należał do głównych przedstawicieli myśli politycznej piłsudczyków w latach wojny. Swoim poglądom dawał wyraz w pismach KON i broszurach: Pakt polsko-rosyjski, Polityka Piłsudskiego i Becka oraz Bilans czterolecia, uzasadniając konieczność walki z Niemcami i ostrzegając przed zagrożeniem Polski ze strony ZSRS. 23 lutego 1944 r. został aresztowany przez gestapo. Zwolniony po 3 miesiącach, najprawdopodobniej ze względu na antysowieckie stanowisko KON, czego dowodziły znalezione przy nim listy do delegata rządu i dowódcy AK, do pracy w podziemiu, ze względu na dekonspirację, już nie wrócił. Wybuch Powstania Warszawskiego zaskoczył go w majątku Jastrzębiec pod Grodziskiem. Jesienią 1944 r. przebywał w Zakopanem i w Krakowie, gdzie napisał list do Prezydenta RP Władysława Raczkiewicza, omawiający sytuację polityczną Polski po klęsce Powstania Warszawskiego i stanowiący swoisty epilog jego publicystyki politycznej czasów wojny.

Pod koniec czerwca 1945 r. przedstawił szefowi BIP Delegatury Sił Zbrojnych na Kraj Kazimierzowi Moczarskiemu projekt stworzenia Centralnego Komitetu Narodowego skupiającego przedstawicieli poszczególnych ugrupowań podziemia niepodległościowego. Projekt ten nie został jednak przez DSZ podjęty i dopiero prześladowania podziemia przez komunistów uczyniły go aktualnym kilka miesięcy później. Mimo to Lipiński nie zaniechał rozszerzania kontaktów politycznych. W lipcu 1945 r. poznał w Warszawie Włodzimierza Marszewskiego, członka ZG SN i jednego z najczynniejszych powojennych działaczy ruchu narodowego. Podczas rozmowy o aktualnej sytuacji politycznej Marszewski wyraził chęć wymiany poglądów również z innymi ważniejszymi działaczami piłsudczykowskimi. Do rozmów doszło w sierpniu 1945 r. w Krakowie.

Jesienią 1945 r. Lipiński rozpoczął ścisłą współpracę z Marszewskim, doprowadzając w marcu 1946 r., w porozumieniu ze Zrzeszeniem Wolność i Niezawisłość, do powołania porozumienia organizacji podziemnych, które we wrześniu tego roku nazwano Komitetem Porozumiewawczym Organizacji Demokratycznych Polski Podziemnej. Lipiński był autorem pierwszej wersji Memoriału do Rady Bezpieczeństwa ONZ (rozszerzonego później o poprawki innych działaczy podziemia), w którym wykazał całkowite uzależnienie Polski od ZSRS, informował zachodnią opinię publiczną o łamaniu umów międzynarodowych przez TRJN, domagał się interwencji dyplomatycznej i międzynarodowej kontroli wyborów do Sejmu oraz umożliwienia startu w nich wszystkim siłom politycznym w kraju.

W marcu 1946 r. powołał Stronnictwo Niezawisłości Narodowej, które jako organizację piłsudczykowską reprezentował w Komitecie, wydawał pismo konspiracyjne „Głos Opozycji”. Nasza grupa ze starych niezmordowanych koni złożona uległa kompletnemu prawie rozbiciu [...]. Zostałem sam prawie na placu, ale postanowiłem do końca wytrwać – jakkolwiek jest niezmiernie ciężko, bo to przecież siódmy rok tej nieprzerwanej walki – pisał do Henryka Floyara-Rajchmana 17 kwietnia 1946 r. Mimo to decydowanie opowiadał się za kontynuowaniem walki o niepodległość niezależnie od rozwoju sytuacji międzynarodowej, nawet w wypadku włączenia Polski do ZSRS.

Swoje poglądy opierał na wierze w nieuchronny konflikt między ZSRS a demokracjami Zachodu, który zakończyłby się korzystnym rozstrzygnięciem sprawy polskiej. W czerwcu 1946 r. wezwał do bojkotu referendum. Uważał, że zostało ono narzucone społeczeństwu przez quislingowski rząd agentury moskiewskiej w czasie, gdy więzienia i obozy koncentracyjne pełne są naszych najbliższych, wobec czego nie czas na komedię głosowania, które zresztą nie będzie mieć żadnego znaczenia, dopóki na ziemiach naszych panuje zbrojna przemoc Moskwy. Planowany sposób przeprowadzenia głosowania porównywał do „wyborów” w ZSRS i województwach polskich, zajętych przez to państwo po 17 września 1939 r. Opowiadał się również za bojkotem wyborów do Sejmu Ustawodawczego, przewidując, że zostaną one sfałszowane. W pierwszych dniach stycznia 1947 r. napisał list do Stanisława Mikołajczyka, zawierający wezwanie do bojkotu.

7 stycznia 1947 r. został aresztowany przez funkcjonariuszy MBP. Sądzony w procesie KPODPP i III ZG WiN w grudniu 1947 r. w Warszawie, zachował postawę bohaterską i bezkompromisową, „jako Polak, jako obywatel i jako człowiek” nie przyznał się do winy. Został skazany na karę śmierci, zamienioną następnie na dożywotnie więzienie. Przebywał w więzieniu mokotowskim, a później we Wronkach, gdzie zmarł w niewyjaśnionych do dziś okolicznościach 4 kwietnia 1949 r., najprawdopodobniej zamordowany na polecenie władz komunistycznych.

W moim głębokim przekonaniu Wacław Lipiński winien przejść do historii polskiej jako bohater narodowy. Jego postawa na procesie była unikatem za żelazną kurtyną. Nikt nie zdobył się na taką postawę. Jeden tylko pułkownik Lipiński. Ten fakt wystarczy na wyniesienie go na cokół historycznego pomnika [...]. Jego walka, jego ostatnie pole działania, to nie było właściwie żadne pole, to było trzęsawisko po pas, krepujące ruchy prowokacje, zdrady, oszczerstwa, podłości poprzez które usiłował przerzucić kładkę wolnej myśli ku wolnej Polsce. Wysiłek absolutnie nadludzki (Józef Mackiewicz, Spotkanie z Lipińskim, „Lwów i Wilno” 1947, nr 116.).